新竹馬偕紀念醫院住院醫師與台北馬偕紀念醫院住院醫師採聯和輪調訓練方式。對於住院醫師的訓練，本科部有固定晨會教學、病例討論、病房教學住診與教學門診。此外，亦有小兒科與婦產科之聯合病例討論會、小兒科與放射科之聯合病例討論會、小兒科次專科討論會、與醫師公會聯合舉辦之病例討論會、以及衛生局委託之教育訓練。藉由豐富的教育訓練內容，提升本院住院醫師對於病童照顧的各項能力。
以下是本科部住院醫師訓練計畫:
第一年住院醫師：以一般兒科全人照護為重點
照顧一般病房病童並學習常見兒科疾病之診斷與治療。
照顧兒童房與新生兒中重度病房住院病童/病嬰。
跟隨主治醫師與總醫師學習門診、健兒門診醫療照護。
隨同資深住院醫師或主治醫師參與急診醫療診察。
於主治醫師與總醫師的指導下，進行個案研究報告。
協助與指導實習醫學生參與小兒常見疾病之診治。
輪訓馬偕兒童醫院，學習醫學中心的兒童健康照護。
隨同資深住院醫師輪值夜班工作。
第二年住院醫師：以新生兒及重症急護小兒科為重點
照顧一般兒童及四個月以下之住院新生兒。
學習各項操作型技術。
照顧兒童加護病房(PICU)之住院病兒。
照顧新生兒加護病房(NICU)之住院新生兒。
參與兒科普通病房工作，並協助與指導第一年住院醫師或實習醫學與小兒常見疾病之診治。
照顧嬰兒室之正常新生兒。
執行心肺復甦術
協助並指導資淺住院醫師之各項操作型技術。。
隨同資深住院醫師或主治醫師參與急診醫療診察。
跟隨主治醫師與總醫師學習門診、健兒門診醫療照護。
於主治醫師與總醫師的指導下，進行個案研究報告。
協助與指導實習醫學生參與小兒常見疾病之診治。
輪訓馬偕兒童醫院，學習醫學中心的兒童健康照護。
輪值夜班工作。
第三年住院醫師：以早產兒之照顧、急診診療、緊急狀況處理為重點
照顧新生兒加護病房(NICU)之住院新生兒。
負責高危險新生兒的輸送。
參與急診診療，照顧急診室病童。
執行心肺復甦術。
參與健兒門診及兒童門診工作。
協助並指導資淺住院醫師及見實習醫師之診療，參與教學。
協助並指導資淺住院醫師之各項操作型技術。
在資深醫師指導下學習一般兒科超音波檢查之技巧及判讀。
腦部超音波。
腹部超音波。
腎臟超音波。
心臟超音波
輪訓馬偕兒童醫院，學習醫學中心的兒童健康照護，擔任住院醫師領導者，提前學習總醫師的行政管理事務。
學習整理文獻，撰寫病例報告或在主治醫師指導下整理論文。